Voraussetzung für eine EMDR-Behandlung ist die Erhebung einer sogenannten Anamnese, d.h. der Vorgeschichte von traumatischen Situationen im Leben eines Menschen. Dazu gehört auch die Erhebung der Ziele eines Klienten und die gemeinsame Planung der Vorgehensweise.

In der gemeinsamen Arbeit werden dann die entstandenen negativen Überzeugungen zusammen mit den verursachenden gefühlsmässigen Belastungen Stück für Stück "angegangen", in dem Tempo, das der/die Betroffene gut verkraften kann. Zur Vorgehensweise im Rahmen von EMDR gehört die Nutzung des Prinzips der "bilateralen (beidseitigen) Stimulation (Reizsetzung)", wobei zumeist Hand- und Augenbewegungen zum Einsatz kommen. Genauso kann das Prinzip auch mit wechselseitigen akustischen Signalen (Tönen) oder Berührungsimpulsen (wechselseitiges sanftes Beklopfen z.B. der Oberschenkel) umgesetzt werden. Dies hilft dem Gehirn der Patientin/des Klienten, nachträglich Informationen so zu verarbeiten und abzuspeichern, dass sie später nicht mehr als belastend empfunden werden.